کاریوتیپ تنها تغییرات بزرگ ساختاری کروموزوم را نشان می‌دهد، اما SNP Array قادر است ریزحذف‌ها و ریزتکثیرهایی (Microdeletions/Microduplications) را شناسایی کند که با میکروسکوپ قابل مشاهده نیستند. همچنین، بر خلاف آرایه CGH که از هیبریداسیون رقابتی بین نمونه بیمار و کنترل استفاده می­کند، آرایه SNP، از هزاران پروپ SNP برای تعیین ژنوتایپ و CNV استفاده می­کند. هر پروب بدون رقابت به توالی DNA مکمل بیمار متصل می­شود و یک سیگنال ایجاد می­کند که در صورت از دست دادن کپی (حذف) کاهش می­یابد و در صورت افزایش کپی (تکثیر، سه برابر شدن و غیره) افزایش می­یابد. علاوه بر این، آرایه SNP با استفاده از داده‌های تعیین ژنوتیپ، قادر به تشخیص‌ از دست دادن هتروزیگوسیتی (LOH)، تشخیص UPD و تری پلوئیدی می­باشد.